При отверждении в местах сверлений и любых углублений, вообще, полимер дает усадку. После отверждения это выглядит как яма. А в отверстиях малого диаметра ( остановка трещины) еще и образуется воздушный пузырек. 
При заполнении места сверления попробуйте полимер заливать на стекло чуть повыше повреждения, чтобы полимер, стекая, заполнял полость. Накрывайте целлулоидной пленкой, которая более мягкая, чем та,что идет в наборах. Когда УФ-лампа постояла минут пять, то пленку снимите, подлейте полимер, закройте снова пленкой, доотверждайте.